曾纪泽巧取吴煦的西十余部账本，回到府中，召集钱鼎铭，以及刚刚抵沪，加入他幕府的浙江人王大经重算账簿。王大经乃举人出身，早年在皖北参与镇压捻军、太平军的活动，积功保升至候补道，后在皖北办团练时长期负责钱饷事务，在财税方面具有丰富的经验。
二人翻算账簿，忙乎了整整一个晚上，从这账簿中查出了诸多亏空、虚报，数目每月高达西十万两之巨。
曾纪泽这回掌握了吴煦贪污的证据，于是毫不手软，当即向北京朝廷上奏弹劾吴煦。并在北京方面派来的调查专员抵沪之前，决定暂时与吴煦划清界线。
曾纪泽以江苏巡抚的发布政令：厘捐由于关卡分散，通过的货物多少不定，很容易滋生弊端，从此改由巡抚衙门亲自掌管。所收之税银，专供包括淮军在内的在沪各军月饷，以及协拨湘军曾国藩大营之需。
而海关税因为由洋税务司征收，一般不易侵吞，故仍由吴煦经营，由其负责发放驻镇江的冯子材部清军饷银每月3万两、中外会防公所经费每月3万两，以及江苏各官廉俸等项。紧接着，曾纪泽对外宣布，吴煦今后再有亏空，不能归之于军饷，巡抚衙门将概不认账。
曾纪泽本想将吴煦以贪污之罪当即逮捕，但因其经营苏沪多年，势力盘根错节，相当的庞大。而像他这种地方大员，若在朝廷中没有人罩着，又怎敢为非作歹。故曾纪泽也不好将吴煦及其党羽一网打尽，以至于引起江苏官场的大震动，破坏了目前较为稳定的内部局面。
不过曾纪泽掌握了吴煦亏空的有力证据，同时又有淮军武装在背后撑腰，政令一下，吴煦也不敢激烈反对，只好哑巴吃黄连，自认倒霉。
曾纪泽在将厘捐大权收入巡抚衙门之后，立即撤除了闵钊、俞斌等吴煦一党，委派王大经具体负责“管理厘捐总局”。并责成他详定章程，严剔弊端，使厘捐滴滴归公。
同时考虑到王大经虽然操守值得信赖，但对于上海捐厘各局具体情况比较生疏，而整顿厘务必须却又要有资深的熟悉人才。原先办理厘捐的同知衔候补知县金鸿保虽是吴煦一党之人，但才力精敏，对于上海捐厘各局的情形极熟，并深知利弊所在，且在上海官场中口碑还还算不错。曾纪泽在招见其谈话数次后，见其悔过表现不错，便不得己继续留任，令其协同王大经办理厘捐诸务，并分管货捐局。
官场即是名利场，金鸿保与吴煦也不过只是利益的联合体而己，如今吴煦倒台之势己十分明显，金鸿保巴不得在这场官场变动中自保其身，既然蒙巡抚大人器重，不念前嫌，依旧任用，金鸿保当然是感激涕零，表示一定悔过自新，竭力办差，不敢有半点私念之心。
尽管曾纪泽对江苏的财政系统来了一次大换血，但满清吏制，缺乏强有力的监督机制，故官员们的廉洁在绝大多数情况下只能依靠他们的自律性。即使曾纪泽和他任命的王大经等人奉公廉洁，但他却无法保证手下的那些官吏们能跟他一样的自律，与吴煦治理下的官场相比，仅仅只是贪污的严重程度不同罢了。
况且，曾纪泽知道，即使是以操守高洁著称的王大经，也不可避免的会贪污，大环境如此，在目前的情况下，曾纪泽只能睁一只眼闭一只眼。
在经过了一番整治之后，上海的财税收入明显增加，这就为淮军提供了更丰富的银饷。并且曾纪泽能节余一部分钱银，存储于库，为不久将要开办的军工厂准备建设的资金。