尽管同济医学堂的师生加起来也不过三百多人，但因为曾纪泽判断准确，及时的在淮军中采取了相应的隔离、防治工作，所以这场席卷江南的霍乱瘟疫并没有对淮军造成太大的打击。。
然而，霍乱对平民的侵袭却是十分严重的。
十月初之时，上海开始出现普遍的发病状况，曾纪泽遂以江苏巡抚的名义，对上海中方管辖区实行严格的防疫管制。城防军各处设卡，检查过往有明显症状之人，暂时关闭茶楼、戏院等公共场所，要求官府人员衙门办差时必须戴口罩，并免费向平民发放大批特别赶制的口罩。
与此同时，要求各医馆必须对前来就诊的霍乱病人及时免费医治，及时上报衙门，隔离相关接触人员，不配合的医馆一律严罚。
租界方面，洋人更加重视对疫症的防治，再加上租界内公共卫生设施比较完善，饮水系统检测严格，因此租界内的疫情相对而言要轻许多。
自古以来，瘟疫对人类社会的打击都是致命的，每当一场规模较大的瘟疫袭卷之后，死亡的人数比经历一场战争还要多。而近代以来，随着医学的发展，西方国家对瘟疫的控制与防治己有有了很大的进步。但在落后的清国，基本上对瘟疫的防治还处于束手无策的状态，官府唯一能做的就是隔离染病之人，任其自生自灭。在统治者眼中看来，人命或许是最不值钱的吧。
上海人能有曾纪泽这样的巡抚，算是他们八辈子积下的福，在曾纪泽重视与努力下，疫情很快得到控制，整个上海因瘟疫死亡的人数不足五百多人，这在整个中国历史上都是罕见的。
然而，在上海之外的地方，情况就不容乐观了。地方官府并没有上海这样较为先进的医疗系统，并且地方官们对疫情的防治也并不如曾纪泽这样重视，他们更多的注意力用在了对付太平军的战争之中。
因而，当瘟疫结束时，整个江苏一省死亡的人数达到八万之多，这只是下头报上来的数字，排除了中国官员们虚报数字的传统，曾纪泽估计死亡的实际人数最少也在十五万以上。
而太平天国的战乱造成了南方地区近一亿人口的死亡，十五万的数字相对于一亿而言简首可以忽略不计。
在疫情基本得到控制之后，曾纪泽随即展开了下一步的军事计划。根据太平军的城防体系，曾纪泽采取了分路合围苏州的战术，在攻取江阴后，趁太平军受挫、元气大伤之际，立即进兵分扎。
在考察过苏州地势，并听取了李鸿章等人的意见，认为要攻取苏州，陆路有三条：一是从胥门、葑门至吴江、平望，己派黄翼升部水师驻守；一是从娄门至昆山，己督潘鼎新团驻守；最后一条是从闾门、浒关至无锡。第一、第二路己为淮军打通占领，而第三路仍为太平军控制。所以，李鸿章决意攻克无锡。
此时，太平军护王陈坤书部退守常州，潮王黄子隆退守无锡，为防常锡相互援应，曾纪泽急令刘铭传团由江阴出，进扎江阴、常州、无锡三县交界的青阳镇，兼防护王绕袭其后。令吴长庆部进扎无锡近郊之缑山，作为主攻无锡的力量，令向望海所部两营驻守江阴，急调张树珊团进扎张泾桥，以援应吴长庆团后路，并保证粮道畅通。与此同时，曾纪泽命刚刚伤愈复出的程学启率本部人马逼至了苏州近郊，构建防御工事，为下一步的攻城之战做准备。
淮军的一举一动都逃不出李秀成的眼睛，他很快意识到了淮军的战略意图，从金陵返回苏州不久，便从各地抽调了13个王的1.余万军队，抢先从无锡全线出击，力图一举全歼吴长庆团，并指挥苏州太平军出城作战，消灭兵临城下的程学启团，解除苏州之围，挽救苏州的危局。