曾纪泽在上海创办军官学堂之事，自然要上奏给北京的朝廷，而今慈禧太后和恭亲王权位未稳，东南之事皆仰仗于曾氏父子的湘军、淮军，以及左宗棠的楚军。。曾纪泽在奏章中声称，设立学堂，仿西人练兵之术，皆为平定粤匪叛乱，朝廷方面自然不好妄加否决，慈禧顺水推舟，不但同意了曾纪泽的上奏，而且还大加赞赏了他一番“忠君为国，劳心劳力”的言词。
曾纪泽就是仗着慈禧权力未稳，在太平天国未平的这一段特殊时期，地方的实力派人物所作所为，她只能睁一只睁闭一只睁眼，故而如合资建厂，开办学堂这些大事，都是先斩后奏。
在黄浦军官学堂创建初期，根据具西方的军事教育，结合大清目前的实际情况，军校分别设立了步、骑、炮、后勤、文化五科。教官以总教习长戈登、教习威利为主，另外还聘用了数名英国及美官补充不足。
课堂教育，每天至少有半天时间教授课程，除有关军事的战术、兵器、测绘、筑垒及典范令之外，并增加了理化、数学、史地等课目，每节为一个半小时。
典范令是丁日昌与戈登等人经过反复探讨，中西结合之后编写出的，关于各项军事动作的准绳，以图说话，注以旁白，对于那些文化水平尚低的学员来说，简明易懂。
普通的知识是为辅助教育，军事知识方面由洋教习充教授，自然科学则聘用普通的外国文职人员教授。而史地、思想教育等课则主要由冯桂芬等开明人士担当。
另外，学教的教学以课堂教授与野外实践相结合，由简入繁，包括了实弹射击、炮兵操炮，后勤运输、架桥作业、爆破演习、体操、劈刺等等，占教学时间的一半左右。
根据曾纪泽的要求，能够进入黄浦军事学堂学习的学员，大多是从淮军原有各部选拔而出，具有初级的文化知识，便于教授。年龄则以十六到二十五岁之间，因为这个年龄段的青年，思想观念尚未完全定型，不似一些年长者保守顽固，他们更易于接受新鲜的事物，有利于树立新的世界观，价值观。
新兵的招募，军官的培养，淮军的扩张与发展在有条不紊的进行着，与此同时，东南战局也在发生着新的变化。自1861年8月攻陷安庆之后，曾国藩即由皖南东流进抵安庆，筹划进军金陵围歼太平军。为巩固后方，他决定先肃清皖北一带的太平军，随后沿江首压金陵。
救援安庆失败之后，陈玉成兵团精锐损失殆尽，军心散乱，其部在经过数月毫无目的运动之后，不得不取道英山、六安，逃回了得镇庐州。至此，陈玉成残部则成为与金陵及江南太平军完全隔离之孤军，独立转战于皖北。杨辅清、黄金文等部援军则退回皖南。
于是曾国荃、多隆阿部趁胜陆续收复桐城、舒城，杨载福督水陆各军攻陷池州府，进占铜陵。至11月时，湘军基本肃清了长江中游太平天国势力，长江水道即为湘军全权掌控，庐州三河粮运皆绝，固守皖北的陈玉成陷入了绝境。