在星界的危机平息后，宇宙享受了一段相对宁静的时光。宇宙守护者联盟利用这段时间，不断强化各个星系的防御体系，并且深入研究之前遭遇的各种威胁背后的原理，希望能从中找到预防未来危机的方法。
然而，这份平静被突然打破。在遥远的幻光星系，一种奇异的现象开始蔓延。原本稳定的恒星系内，行星的轨道毫无征兆地发生错乱，一些星球上的文明在瞬间遭受灭顶之灾。巨大的能量风暴席卷整个星系，将沿途的一切都撕成碎片。
守护者联盟收到求救信号后，立刻派遣林羽带领的先锋队前往调查。当他们抵达幻光星系时，被眼前的景象所震惊。只见空间中出现了许多巨大的黑色裂缝，从中涌出一股熟悉的黑暗气息——那是曾经被他们击败的“混沌之源”的力量。
“怎么可能？‘混沌之源’不是已经被封印了吗？”一名守护者惊恐地说道。
林羽面色凝重，“看来它找到了新的突破口，或者是有其他力量在协助它再次复苏。”
他们一边尝试救援受灾的星球，一边深入研究这些黑色裂缝。灵儿运用心灵之力感知到，在裂缝的深处，有一股邪恶的意志在操控着一切，它正在召集宇宙中残留的负面能量，试图重新构建“混沌之源”的实体。
为了阻止这一切，守护者们决定冒险进入裂缝内部。在裂缝中，他们遭遇了各种由混沌能量催生的怪物。这些怪物形态各异，有的形如巨大的章鱼，用触手攻击守护者；有的则是一团团黑暗能量球，不断释放出腐蚀性能量波。
守护者们凭借着以往的战斗经验和彼此之间的默契，艰难地在裂缝中前进。在这个过程中，他们发现了一些被黑暗力量侵蚀的智慧生命。这些生命原本也是宇宙的守护者，但在“混沌之源”的影响下，失去了自我意识，成为了它的傀儡。