同年九月，兵部让秦良玉再回乡征兵二。

    秦良玉与秦民屏回乡后，恰逢永宁(今四川省叙永县)宣抚使奢崇明在重庆造反。

    其部将樊龙派遣使者带着金银和丝绸，前来想与秦良玉结盟。

    秦良玉将使者斩杀，立即发兵率领秦民屏及秦邦屏的儿子秦翼明、秦拱明逆流西上。

    渡过重庆城，乘敌不备，直达重庆南坪关，断贼归路。

    秦良玉设伏兵袭击两河，将敌人的船只烧毁。

    而后秦良玉分兵守忠州，派快马带檄文至夔州，要求当地驻军赶紧防守瞿塘峡上下游地段，击退入侵的贼兵。

    秦良玉上表秦民屏的战功，朝廷升秦民屏为参将，秦翼明、秦拱明为守备。

    天启二年(1622年)，奢崇明包围成都，四川巡抚朱燮元传令秦良玉前去征讨。

    当时各地的土司都贪图贼寇的贿赂，按兵不动，只有秦良玉击鼓西征。

    秦良玉率军攻取新都，长驱直奔成都，将奢崇明击败，解了成都之围。

    奢崇明败走后，秦良玉率领秦民屏等攻克二郎关、佛图关，收复重庆。

    朝廷于是授命秦良玉为都督佥事、充都督同知总兵，并加封为夫人，授马祥麟为宣慰使，秦民屏为副总兵，秦翼明、秦拱明为参将。

    授官后，秦良玉又收复红崖墩、观音寺、青山墩等贼军重要据点，奢崇明兵败自杀。

    秦良玉彻底平定奢崇明四川之乱。朝廷因功多次赏赐秦良玉金币。

    天启三年(1623年)，秦良玉上书说:“我带着秦翼明、秦拱明裹粮出战，先后取得了像红崖墩三战那样的胜利。

    可是那些离间我们君臣的大将们，他们没见过贼兵的面。

    却在那里整天挥着胳膊吹嘘，等到和贼兵对垒时，就闻风而逃。

    那些自己被贼兵打败了的人，就担心别人战胜贼兵;自己被贼兵吓住了的人就怕别人胆子比贼兵大。

    像总兵李维新，他在渡河一战中失败回营，反而拒我于门外，不容我进城相见。

    以一个六尺身躯的大男子忌妒一个巾帼妇人，他如果夜静时想一想就应当羞死。“，

    皇帝朱由校于是下诏文武大臣必须以礼招待秦良玉，不得有任何猜忌。

    天启四年(1624年)，秦民屏随巡抚王三善率军在陆广作战失败，王三善率先逃走。

    秦民屏在大方大破贼兵，屡战屡胜。

    退兵时，遭到贼兵袭击，奋战而死，秦民屏两个儿子秦佐明、秦祚明突围而出但也重伤。

    秦良玉上书请求抚恤，朝廷于是追赠秦民屏为都督同知，并立祠祭祀，两个儿子封参将，秦翼明、秦拱明官至副总兵。

    崇祯三年(1630年)，清军大举进攻，永平四城失守，皇太极进围京都。

    秦良玉率秦翼明奉诏勤王，并拿出家中的资产充作军饷。

    皇帝朱由检特意下诏表扬，并于平台召见秦良玉，赏赐秦良玉钱币牲畜酒水等，并赋诗四首表彰秦良玉的功劳。

    皇太极退兵后，秦良玉率兵回乡，而秦翼明就在京畿附近驻扎。