正月二十七日，文华殿，朱由检召集阁臣、九卿，以及三法司和太常寺相关官员，处理钱千秋案。
这件案子是温体仁重新提起的，朱由检首先询问他：
“温卿参钱谦益受钱千秋贿赂，以‘一朝平步上青天’为关节，犯下科场舞弊之罪。”
“这件事可有实据吗？”
温体仁毫不犹豫地道：
“臣参钱谦益的罪名，字字都是实的。”
朱由检继续问道：
“钱千秋案刑部已经结案，难道还有疑问吗？”
温体仁反驳结案一说，回道：
“刑部将金保玄、徐时敏问罪，钱千秋却逃了，并不曾到官，此案怎算了结？”
朱由检闻言点头，认可这个说法。涉案的主犯逃了，当然不能说结案。
所以他转向钱谦益，询问道：
“温体仁参卿受钱千秋贿赂，以‘一朝平步上青天’为关节，可是真的么？”
钱谦益当然不承认这件事，急忙辩解道：
“臣于天启元年典试浙中，一时号称得人，初不闻有钱千秋之事。”
“到京复命之后，才知道钱千秋一事，当即上疏参他，现有奏案在刑部。”
朱由检听到回复还没有说什么，温体仁径自插话，语气咄咄逼人，责问钱谦益道：
“钱千秋逃了，徐时敏、金保玄是中间人，在刑部亲口说和钱谦益有关，这件事如何赖得过？”
钱谦益继续辩解，回道：
“臣不敢多辩，现有卷案在刑部。”
“钱千秋试卷原是真定府推官郑履祥取的上卷。臣为总裁，不能遍阅，只看他七篇文字，又看他后场也通，不曾看到结尾七字。一时疏略之罪，臣不能辞。”
只承认失察之罪，想要把这件事糊弄过去。
朱由检对此当然不满意，询问苏茂相道：
“对于钱千秋案，刑部有什么话说？”
刑部尚书苏茂相回道：
“此案是在天启二年审判，臣当时尚未到刑部，不曾见过案卷。”
“如今刑部审判职权移交大理寺，案卷也在移交，一时难以把案卷找出来。”
朱由检暗暗点头，觉得苏茂相识趣，看出自己是想借这个案子发挥，所以没有把案卷拿出来——
否则案子定了，朝堂上还有什么好争的，自己还用什么拿捏钱谦益？
所以他没有责怪苏茂相连个案卷都找不到，说道：
“移交案卷是大事，这件事一定要办好。”
“大理寺要建立专门的档案室，分门别类编号，存储好这些案卷。”
“以后所有案卷要分密级，供不同级别的人查阅。”
“除了永不解密的，其它案卷根据密级划分，在十到三十年内解密，允许公众查看。如果将来印刷技术成熟，可公开印刷出版。”
“所以大理寺的断案要慎重，要经得起时间检验。”
“刑部和都察院要做好监督，不要让大理寺和地方衙门胡乱断案。”
告戒了三法司一通，朱由检继续说钱谦益的事情，询问群臣道：