南司房是负责锦衣卫内部的机构，是朱由检改革卫所制的尝试。
但是锦衣卫作为皇帝的耳目，怎么可能只需要做好内部管理呢？
在将南镇抚司改为南司房之后，朱由检又对锦衣卫最重要的对外机构北镇抚司进行调整：
“北镇抚司专理诏狱职责不变，以后改为刑狱司，仍旧独立办公。”
“刑狱司设狱政处、理刑处、侦查处、教育处、卫生处等部门，要全面改善形象，不要再酷刑杀人。”
“卫生处负责诏狱的医疗卫生工作，以后诏狱的卫生状况要不定期检查。犯人若是死亡，要查清楚原因、追究相关责任。死刑由大理寺复核，不得在诏狱妄杀。”
“教育处负责犯人的文化需求，诏狱的犯人大多是官员，要让他们接受教育，认识到自己的错误。如果有人想写什么，也可以让他们写，审查后再做处理。”
“侦查处负责侦查狱内案件、排查安全隐患，防止有人在狱内作案。如果有犯人提供新证据、新线索，也要即使联系侦缉总队进行侦查，酌情优待犯人。”
“理刑处负责刑狱惩罚，尽量使用关禁闭等非肉体惩罚，不得随意伤残犯人肢体，不得长时间连续惩罚。卫生处要定期对犯人体检，查看伤病情况，追究伤病原因。”
“狱政处负责犯人管理，罪犯收押、释放、探视、移交等等，都归狱政处负责。”
“最后再设个办公室，负责刑狱司的公文、档案、财务等日常事务。”
设置好了部门，朱由检又吩咐道：
“南司房把这些记下来，人事厅负责诏狱编制调整。让刘侨尽快上任，对诏狱进行整顿。”
“尤其是要查清诏狱情况，把不该由诏狱羁押的罪犯，全部移交刑部和大理寺，不要一直放在诏狱里。”
“诏狱要全面清理，彻底清查旧案，该杀头的就杀头，该流放的就流放，争取把诏狱完全清空，打扫整修一遍。”
清空诏狱是会被人夸赞为明君的举措，朱由检要夺回锦衣卫的控制权，不能不做好形象工作。
戚昌国、李顺祖领命，又对北镇抚司只设置五个处有些不敢相信，询问道：
“刑狱司下直接设处，应该定为几品？”
朱由检明确回应：
“司是正五品，处是正七品，下面是否设科股要看具体需要。”
“司长、处长的品级，可以通过加衔提升。”
这下大家都明白了，皇帝在把南镇抚司提升为南司房后，没有把北镇抚司同样提升为北司房，实际是做了降级。
南司房下辖的厅是正六品，刑狱司下辖的处只是正七品。而且南司房提督是指挥，刑狱司是否由指挥提督还不一定，以后可能只是个普通的五品部门。
由此可见，皇帝并不重视诏狱，没打算用诏狱实现什么目的。
这让一些锦衣卫官员心中哀叹，知道碰上了一个不重视诏狱的皇帝。
也有一些人心中高兴，知道这样就不用和文官产生剧烈冲突，能够平平安安。
朱由检不管他们怎么想，他是没打算随便杀人的。每个官员在他看来都有用处，只要不犯下必死的罪过，流放去海外当军户也能产生价值，完全没必要杀。
诏狱以后的用途，并不是酷刑杀人，而是羁押外廷没资格处理的官员，回归最初职能。
相对来说，朱由检更担心诏狱的狱卒胡来，败坏自己形象。
所以他对北镇抚司做出的安排，主要是改善管理，改善对外形象。不能让人一提起锦衣卫，就想到北镇抚司酷刑。
因为这个，他连北镇抚司的名字都改了，以后就成了刑狱司。
从此以后，锦衣卫要转变职能，和以前的形象说再见！
除了诏狱之外，锦衣卫最重要的工作就是侍卫。朱由检简单分为宫内侍卫司和侍卫总队、宫外警卫司和警卫总队，负责不同的护卫工作。以后从勋贵和世官中，挑选信任的人提督。
如此一来，锦衣卫就有了四大总队：侍卫司侍卫总队、警卫司警卫总队、东司房侦缉总队、西司房巡捕总队，一共四支武装。
对这些武装力量的编制，朱由检同样做出调整：
“小旗上面设小队，再往上设中队、大队。每个上级编制下辖三到五个下级编制。”
“每个小旗是十人，小队三十人左右，中队百人左右，大队三百人到五百人。”
“总队根据需要统辖不同的大队，如果人数过多、任务过重，可以分出独立的分队、支队。”
“总队负责行动，各司可根据需要设置办公室、指挥处、行动处等部门，负责日常管理和行动指挥。”
在这里只是简单提及，朱由检打算亲手做出调整。毕竟是京城的武装力量，关系到自己安全，再怎么重视都不为过。
京城巡捕营、五城兵马司等机构，他也同样想做出改变。
这些以后再提，接下来就是最重要的机构，也是朱由检规划的锦衣卫重点工作方向：
“设立北司房情报中心，以锦衣卫指挥提督，单独铸造关防大印。”
“设置统计司，统计各种数据，例如文武官员数量、每年需要的俸禄数量、税收数量、粮食产量、百姓户口数量、百姓所拥有的田亩数量等等，都要统计出来。数据来源包括官府的公开数据和锦衣卫自己搜集的数据，每年编撰统计年鉴，经过保密处理后发行。”
“设置保密司，负责保密通讯。保密一厅负责秘密通讯，例如银章密奏在宫外的传递，在各驿站规划好传递路线，划分保密级别和加急级别，以及紧急情报需要采用的飞鸽传书等方式；保密二厅负责朝堂公文保密，为朝堂公文划分不同的保密级别，监督官员执行；保密三厅负责密码暗语的制定和破译；保密四厅负责锦衣卫内部工作保密；保密五厅负责卫所情况、军队编制等军事机密保密；保密六厅负责审查民间书籍、文字，向相关部门提议收缴涉密文书，避免被内外敌人获取。”