朱由检此时还不是皇帝，无法给徐应元任命职位入宫，只能把他留在外面，回信王府安抚众人。同时，他再次嘱咐徐应元，让他去找张维贤，警惕外军入京。
不知外面情形，朱由检入宫之后，被安排在乾清门，西向而坐，不敢稍有懈怠。
天色渐渐昏暗，有内侍点燃蜡烛，朱由检秉烛独坐，不敢合眼睡下。也不知过了多久，他看到一个巡视的宦官佩剑经过，心中惊疑之下，朱由检手脚紧绷，道：
“能让我看看你的剑吗？”
却是他想到三大案之一的梃击案，担心这个佩剑宦官，是魏忠贤派来谋害自己的。
好在这个宦官并没有那种心思，闻言将剑卸下，呈递给了朱由检。
朱由检佯装观赏一番，就把剑留在案几上，用来预防不测。看着那个宦官，许诺道：
“你的剑保养得不错，以后重重有赏！”
又听到外面巡逻人员的脚步声，朱由检担心这些佩戴武器的人里面，可能有魏忠贤的人图谋不轨。念头转动，决定犒赏他们，问左右道：
“这时候还在巡逻，一定很辛苦吧！”
“从哪里取食物犒赏他们？”
旁边一个内侍道：
“可以让光禄寺准备。”
朱由检闻言，试探道：
“那就传旨光禄寺，让他们准备食物，犒赏众人。”
内侍不疑有他，立刻传旨去了。
周围的人听到，顿时欢声雷动。认为朱由检体恤众人，会是一个好皇帝。
朱由检同样很是高兴，因为他从这些人的反应中，意识到自己虽然没有正式登极，很多人却已把自己当成皇帝。无论是传旨还是赏赐，都没有不开眼的人，在自己耳边提醒他还不是皇帝。
这让他更加感慨，皇帝在宫中的权力：
“难怪皇帝喜欢使用宦官，他们实在是太听话了。”
“袁可立那样的外臣有胆子不听中旨，但是宫里的内臣，却没有敢违背皇帝旨意的。”
“我要掌控权力，要从内廷下手。”
想到涂文辅的暗中投靠、还有徐应元的小心思，朱由检知道魏忠贤在宫中的势力并非那么牢固，决定在皇宫这个大本营，瓦解魏忠贤的势力。
如此一夜过去，次日，公侯驸马伯、文武百官、及军民耆老等，三次上笺劝进。朱由检按例推辞了两次，直到第三次才答应下来。
礼部上登极仪注，又以登极遣宁国公魏良卿、保定侯梁世勋祭告南北郊，驸马侯拱辰祭告太庙，宁晋伯刘天锡祭告社稷。
朱由检看到魏良卿的名字，心中冷笑一声，却毫不犹豫地答应，准备明日登极。
翌日，朱由检在大行皇帝几案前设酒果，穿上孝服告诉他自己已经受命。
又在皇极殿前设香案酒果等物，穿上衮冕服行告天礼，随后去奉先殿谒告祖宗，在皇祖母刘太妃前行五拜三叩头礼，在张皇后前行四拜礼。
然后前往三大殿，正式即皇帝位。